“鲤鱼和草鱼等重要养殖鱼类功能基因组研究及应用”阶段性验收会议举行

  2月28日,863计划“鲤鱼和草鱼等重要养殖鱼类功能基因组研究及应用”项目阶段性验收会在北京举行。验收会由中国农村技术开发中心白卫滨博士主持,与会专家包括中国科学院水生生物研究所桂建芳研究员、中国海洋大学包振民教授、北京大学刘东研究员、中国科学院遗传与发育研究所陈良标研究员、中国科学院北京基因组研究所于军研究员、章张研究员等,国家自然科学基金委员会计划局局长孟宪平、副院长李杰人、院学科发展处处长徐瑞永、科研计划处处长刘英杰等出席会议。

  项目首席科学家孙效文研究员作了题为“鲤全基因组测序与遗传育种工具开发”的工作汇报。项目对鲤鱼全基因组进行了测序与装配,进行了基因注释,获得的阶段性研究成果包括:(1)完成了200倍覆盖度的全基因组测序;(2)装配获得鲤鱼基因组框架图谱,其中contig&nbspN50为28&nbspkb,scaffold&nbspN50为657&nbspkb;(3)注释获得基因36412个;(4)建立BAC文库,包含92160个BAC克隆,平均长度141&nbspkb,覆盖7.7倍鲤鱼基因组;测序获得75744个BAC末端序列;(5)构建了鲤鱼基因组物理图谱,包含3696个重叠群,N50长度达688&nbspkb;(6)识别微卫星位点9.2万个,cSNP位点77.8万个;(7)建立了鲤鱼高密度连锁图谱,由1058个微卫星标记和3819个SNP标记组成;(8)建立了鲤鱼-斑马鱼比较基因组图谱;(9)获得食物转化率、肌纤维、体重等24个性状的QTL区间480个,主效基因376个;(10)建立了鲤鱼基因组资源数据库和网站。

  专家组审查了相关材料,观看了鲤鱼基因组数据库网站的演示,经深入讨论,一致认为该项目系统全面地开展鲤鱼基因组资源挖掘,覆盖了包括全基因组测序、基因注释、图谱构建、转录组分析、经济性状QTL分析、数据库群构建等工作,在整体上达到了水产动物基因组研究的国际领先水平。建议项目组加快研究步伐,加强国内外合作,将获得的基因组资源用于鲤的分子育种研究。